Vi sinh vật nói chung và vi khuẩn nói riêng giữ vai trò rất quan trọng trong mọi hệ sinh thái. Chúng tồn tại khắp nơi ngay cả trong cơ thể của các sinh vật khác. Đa số các loài vi khuẩn có lợi được ứng dụng trong sản xuất các chế phẩm phục vụ cho vật nuôi và con người. Một số ít lại là nguyên nhân gây bệnh. Điều này thúc đẩy các kỹ thuật chẩn đoán vi khuẩn ra đời. Thông thường trong chẩn đoán vi khuẩn thường áp dụng kỹ thuật nuôi cấy phân lập trên một số môi trường chuyên biệt và xác định vi khuẩn thông qua các phản ứng sinh hóa Quy trình chẩn đoán xét nghiệm này có ưu điểm là đơn giản nhưng lại không đảm bảo tính chính xác của kết quả cũng như không cho thấy những mối liên hệ về mặt di truyền, sự biến chủng của vi khuẩn theo thời gian. Các kỹ thuật sinh học phân tử, kỹ thuật gen, kỹ thuật chẩn đoán dựa trên cấu trúc gen của vi khuẩn như kỹ thuậtPCR, Real-time PCR, PCR-RFLP với những ưu điểm nổi trội như nhanh, nhạy, chính xác đã thay thế rất tốt cho các phương pháp chẩn đoán cổ điển trong các trường hợp xảy ra ổ dịch, nhất là đối với các loại vi khuẩn khó nuôi cấy và chẩn đoán như vi khuẩn lao, Leptospira hoặc những vi khuẩn gây ngộ độc thực phẩm như Salmonella, E. Colinhóm STEC.