Các yếu tố Hvà Ndo các gene quy định nên khi các gene biến đổi, những yếu tố kháng nguyên này biến đổi theo. Có hai loại biến đổi ởmức độphân tử: (1)Các đột biến điểm(point mutations): Thường xảy ra trên hai gene mã hóa các thành phần kháng nguyên dẫn đến các biến đổi nhỏcủa H và N (người ta dùng thuật ngữbiến đổi trôi dạt – antigenic drift đểmô tảcác đột biến kiểu này). Kết quảhình thành nhiều kiểu kháng nguyên H và N khác nhau được ghi nhận bằng các ký hiệu H1, H2, H3 v.v. và N1, N2, N3, v.v. Vì vậy đểký hiệu mỗi loại virus ta dùng một nhóm gồm hai ký hiệu một từH và một từN như: H1N1, H1N2, H2N2, H5N1. Điều đáng lưu ý là kết quảcủa biến đổi trôi dạt dẫn đến sựra đời của chủng virus cúm mới mà kháng thể đối với các chủng virus trước nó không nhận ra được (2) Các biến đổi lớncó tính chuyển đổi (antigenic shift) xảy ra khi virus cúm nhiễm từloài này sang loài khác hoặc do trộn lẫn, tái tổhợp genecủa virus cúm ở các loài khác nhau (ví dụgiữa virus cúm A ởngười và virus cúm A ởgia cầm). Khi loại biến đổi này xảy ra sẽcho ra đời một phân type virus mới mà tác hại của nó khó thểlường trước được. Đây cũng là một trong những yếu tố đểmột đại dịch bùng phát.