Căn cứ vào mối quan hệ với chính phủ, có hai mô hình tổ chức ngân hàng trung ương :  Ngân hàng trung ương độc lập với chính phủ. – Không nằm trong cơ cấu bộ máy của chính phủ. – Không chịu sự lãnh đạo, điều hành của chính phủ. – Được giám sát trực tiếp bởi Quốc hội. – Quan hệ giữa hai bên là quan hệ hợp tác, thúc đẩy sự ổn định và phát triển kinh tế.  Ưu điểm : – Tăng hiệu quả cảu mục tiêu kiểm soát lạm phát, tăng trưởng kinh tế, giảm thâm hụt ngân sách và ổn định hệ thống tài chính – Được giao quyền lựa chọn mục tiêu mà không chịu sự can thiệp chỉ đạo từ chính phủ hay cơ quan liên quan khác. – Độc lập trong việc thực thi chính sách nên tăng tính chủ động và giảm độ trễ của chính sách tiền tệ. – Có thể từ chối trong mục tiêu thâm hụt ngân sách. – Tự chủ về cơ chế tổ chức và cơ chế tài chính, nhân sự. – Có trách nhiệm giải trình đầy đủ và minh bạch.  Hạn chế : Tạo ra sự quản lý thiếu đồng bộ giữa các cơ quan quản lý nhà nước.  Áp dụng ở các nước : Hoa Kỳ, CHLB Đức và một số quốc gia thuộc cộng đồng Châu Âu.  Ngân hàng trung ương trực thuộc chính phủ. Mô hình ngân hàng trung ương thuộc chính phủ là mô hình trong đó ngân hàng trung ương nằm nội các chính phủ và chịu sự chi phối trực tiếp của chính phủ về nhân sự, về tài chính và đặc biệt về các quyết định liên quan đến việc xây dựng và thực hiện chính sách tiền tệ.  Áp dụng các nước : Trung Quốc, Ba Lan, Việt Nam  Ưu điểm : Tập trung cao về nguồn vốn trong nước cho đầu tư và chi tiêu, phối hợp đồng bộ các nguồn lực tài chính cho việc thực hiện chức năng và nhiệm vụ của chính phủ.  Hạn chế : Chính sách tiền tệ có thể bị lạm dụng bởi giai cấp thống trị.