Có thể đối chiếu kinh hiển vi điện tử truy ền qua với kính hiển vi quang học để thấy,2 loại kính khác nhau rất cơ b ản,nhưng vẫn cóchỗtương đồng là khuyếchđại bằng thấu kính.thay cho bóng đèn tạo ra ánh sáng,ta dùng sóng điện tửtạo ra tia điện tửvà được tăng tốc bằng hiệu điện thếtừ50kV đến 100kV.Thay cho vật kính và thị kính bằng thuỷtinh,ởđây vật kính và th ịkính điều là thấu kính điện từ.Đó là các cuộn dây điện có lỗi rỗng bằng sắt non,hình dạng đặc biệt.Dòng điện chạy trong cuộn dây lớn hay nhỏsẽlàm cho lỗi sắt non bịtừhoá nhiều hay ít và chùm tia điện tửsẽhội tụ gần hay xa.nói cách khác,tiêu cựcủa thấu kính điện từcó thểthay đổi được bằng cách thay đổi dòng điện qua thấu kính. Một điều rất khác với kính hiển vi quang học,là tia điện tửcần điện thếcao để tăng tốc,nếu trên đường đi của điện tửcó các phân tửkhôngkhí thì điện tửsẽva chạm và bị tán xạ rất m ạnh.Do đó,ở kính hiển vi điện tử truy ền qua,từ nơi điện tử phát ra,qua các thấu kính,cho đến nơi tạo ảnh cuối cùng,điều phải bảo đảm là chân không cao,cỡ10 -5 torr.Khi làm việc,thân máy phải được hút chân không.Năng suất phân giải của kính hiển vi điện tửtruy ền qua thật tuy ệt vời,loại trung bình có n ăng suất phân giải là 1nm ,loại tốt năng suất phân giải cóth ểhơn 0,1nm. Việc khó có thểđạt năng su ất phân giải cao hơn nữa không phải là do bước song λ của tia điện tửmà là do khó chếtạo hoàn chỉnh các thấu kính điện từ. Từ khi có kính hiển vi điện tử truy ền qua,con người đã có những bước tiến vượtbậc,đi sâu,quan sát kĩ th ếgiới nhỏbé.Các nhà sinh vật th ấy được cấu trúc chi tiết của tếbào,những loại siêu vi trùng gây ra dịch bệnh.Các nhà khoa học vật liệu thấ y được những loại sai hỏng trong cách sắp xếp các nguyên tửtạo thành tinh thể.với kính hiển vi điện tửthì dễdàng thực hiện phương pháp nhiễu xạđiện tử,vì chù m tia điện tử là 1 chùm sóng đơn sắc cònmẫu tinh thểlà cách tửkhông gian 3 chiều.Ảnh nhiễu xạ phối hợp với ảnh hiển vi cho biết rất nhiều thông tin vềcấu trúc vật chất.Bên cạnh những ưu điểm,kính hiển vi điển tửtruy ền qua,hay nói đúng hơn phương pháp hiển vi điện tửtruy ền qua cũng có 1 số nhược điểm.