Ngay từ khi chiến tranh Nam Bắc Triều còn đang tiếp diễn thì nội bộ Nam triều đã nảy sinh mầm mống của sự chia rẽ. Năm 1545, sau khi Nguyễn Kim bị mưu sát, Trịnh Kiểm được vua Lê đưa lên thay thế chỉ huy mọi việc. Để giữ vững quyền hành của mình Trịnh Kiểm tìm cách loại trừ phê cánh của Nguyễn Kim mà trước hết là con trai của ông. Người con đầu là Nguyễn Uông bị ám hại, người con thứ là Nguyễn Hoàng lo lắng tìm cách thoát khỏi mối đe dọa đó. Được sự gợi ý của trạng nguyên Nguyễn Bĩnh Khiêm, Nguyễn Hoàng nhờ chị (vợ của Trịnh Kiểm) xin cho vào trấn đất Thuận Hóa. Bấy giờ ở xứ Thuận Hóa mới dẹp yên, tuy nhà Lê đã đặt tam ti (Đô ti, Thừa ti, Hiến ti) và phủ huyện để cai trị nhưng nhân dân vẫn chưa một lòng. Mặt khác, Kiểm thấy vùng đất ở đó hiểm nghèo, xa xôi cho ngay cho Nguyễn Hoàng. Anh Tông lên ngôi Trịnh Kiểm dâng biểu nói: “Thuận Hóa là nơi quan trọng, quân và của do đó mà ra, buổi quốc sơ nhờ đấy mà nên nghiệp lớn. Nay lòng dân hãy còn tráo trở, nhiều kẻ vượt biển đi theo họ Mạc, sợ có kẻ dẫn giặc về cướp, vì không được tướng tài trấn thủ vỗ yên thì không thể xong. Đoạn quân công là con nhà tướng, có tài trí mưu lược có thể sai đi trấn ở đấy để cùng với tướng trấn thủ Quảng Nam cùng nhau giúp sức thì mới đỡ lo đến miền Nam”. Vua Lê nghe theo và trao Nguyễn Hoàng trấn tiết, phàm mọi việc đều ủy thác cả, chỉ mỗi năm nộp thuế mà thôi. . . Nguyễn Hoàng đã thành công với nước cờ thí này (lúc ấy là năm 1558).