I.KHÁI NIỆM: • Microsatellite là những trình tự đặc biệt của DNA mà có chứa sự lặp lại nối tiếp từ 2 đến 6 bp còn gọi là SSR (simple sequence repeats), STR (short tandem repeats), VNTR (variable number of tandem repeats). Ví dụ: • GTGTGTGTGTGT • hay (GT)6 CTGCTGCTGCTGCTG • hay (CTG)5 ACTCACTCACTCACTC • hay (ACTC)4 II.ĐẶC ĐIỂM: Microsatellite là marker được lựa chọn trong việc lập bản đồ phân tử, sự xác định những giống cây trồng, đánh giá nguồn gốc tổ tiên của cây trồng cho mục đích nghiên cứu quần thể cây trồng và sự tiến hóa là vì • Có tính đa alen và biến dị cao • Là marker đồng trội • Phân bố ngẫu nhiên khắp bộ gen sinh vật • Dễ dàng xác định bằng PCR sử dụng các primer đặc biệt. Một cá thể có một locus đồng hợp sẽ có cùng số lần lặp lại trên cả hai nhiễm sắc thể, trong khi một cá thể dị hợp sẽ có số lần lặp lại khác nhau trên hai nhiễm sắc thể. Những vùng xung quanh locus của microsatellite, được gọi là vùng hai bên (flanking region) có thể có cùng trình tự. Điều này rất quan trọng bởi vì những vùng hai bên có thể được dùng như primer của phản ứng PCR khi nó sẽ khuếch đại microsatellite, và vùng hai bên này sẽ bảo tồn giữa các giống hay thỉnh thoảng giữa các họ.