Mục đích xử lý nước thải của nhà máy xử lý nước thải Bình Hưng Hòa là làm giảm nồng độ ô nhiễm của kênh Đen. Công nghệ của nhà máy khá đơn giản nhưng đem lại hiệu quả khá cao. Trong quá trình vận hành hoàn toàn không sử dụng đến hóa chất mà dựa vào vi sinh vật để xử lý nước thải. Không có điều chỉnh pH đầu vào, và không xử lý N, P một cách triệt để vì theo thiết kế thì chỉ xử lý chất hữu cơ (N và P được chuyển hóa tự nhiên). Hằng ngày, nhà máy sẽ kiểm tra độ pH, độ đục, BOD, COD bằng máy. Nhà máy được thiết kế để phục vụ cho việc xử lý nước thải sinh hoạt từ kênh Đen, nhưng trên thực tế, nước từ kênh Đen ngoài nước thải sinh hoạt thì ở đầu nguồn nước thải của các cơ sở dệt nhuộm, các cơ sở sản xuất chưa được xử lý vẫn xả vào kênh Đen nên gây ảnh hưởng đến quá trình vận hành và hiệu quả xử lý nên gây không ít ảnh hưởng đến chất lượng nước xử lý sau xử lý. Và hiện nay nhà máy vẫn chưa có cách để khắc phục sự cố này. Để khắc phục tình trạng này nên xây dựng một trạm thu gom nước thải sinh hoạt để đưa nước về nhà máy xử lý và di dời các cơ sở sản xuất ra khu vực thích hợp để không gây ảnh hưởng đến quá trình xử lý. Khuôn viên nhà máy xử lý khá đẹp và rộng rãi với nhiều cây xanh, không gây nhiều mùi hôi ảnh hưởng đến môi trường xung quanh. Tuy nhiên với công nghệ này đòi hỏi phải có diện tích đủ lớn.