Mạng lưới thoát nước mưa được bố trí đặt một bên ở các đường trong khu chế xuất Linh Trung II. Tất cả nước mưa được thu gom về các rãnh và xả vào 3 cửa xả (2 cửa chính và 1 cửa phụ), đi vào mạng lưới thoát nước chung của thành phố. Nước mưa trong KCX là loại nước thải thu gom trên diện tích bề mặt khuôn viên của khu văn phòng, nhà xưởng nên không chứa các chất gây ô nhiễm, độc hại như hoá chất, dầu mỡ, Vì vậy nước mưa được coi là nước thải quy ước sạch có thể xả thẳng ra nguồn tiếp nhận. Cấu tạo mạng lưới thoát nước trong thiết kế thi công như mối nối ống, giếng thăm, gối đỡ, nền đặt ống, đều tuân theo các quy định của tiêu chuẩn ngành 20 TCN – 51 – 84, phần “Thoát nước_ Mạng lưới bên ngoài và công trình”.