Sông và kênh rạch của thành phố nối kết thành một mạng lưới phức hợp dài gần 100km. Các kênh chính là Bến Nghé, Tham Lương – Vàm Thuật, Nhiêu Lộc – Thị Nghè, Tàu Hũ – Đôi Tẻ và Tân Hóa – Lò Gốm. Các rãnh thu và chuyển nước thải và nước mưa tạo thành dòng chảy tự nhiên và kênh nhân tạo, các kênh này chảy vào các sông chính. Các dòng sông và kênh không chỉ có chức năng thoát nước mà còn là đường giao thông thủy và cảnh quan đô thị nói chung. Bờ sông và bờ kênh còn là nơi tập trung nhà lụp xụp và người nghèo đô thị cao nhất của thành phố. Cùng với mạng lưới kênh rạch của thành phố, kênh Tân Hóa – Lò Gốm bị ô nhiễm nặng nề bởi nước thải của người dân, nước thải công nghiệp và rác thải. Kênh bị ô nhiễm trầm trọng hơn do thiếu duy tu, thiếu hạ tầng môi trường phù hợp và thiếu nhận thức môi trường của người dân.