Dữ liệu microarrayslà những bước đột phá mới nhất trong sinh học phân tử. Nó cho phép kiểm tra mô tả gene của khoảng mười nghìn gene đồng thời. Kết quả của những thí nghiệm sử dụng công nghệ microarray này sẽ được đem phân tích ở mức thấp và cho ra một tập dữ liệu gọi là dữ liệu gene micrarray. Dữ liệu này sẽ được sử dụng cho việc phân tích mức cao hay còn gọi là phân tích cụm (Cluster analysis). Phân cụm gene tức là nhóm những gene thành những cụm với những đặc tính tương đồng. Mới xuất hiện từ đầu những năm 1990 đến nay đã và đang có rất nhiều phòng thí nghiệm, công trình khoa học nghiên cứu về vấn đề phân cụm cho dữ liệu gene micoarray và vấn đề này ngày càng được quan tâm đầu tư nhiều hơn, bởi vì những ứng dụng vô cùng to lớn của kết quả nghiên cứu vấn đề này trong nhiều lĩnh vực như: y học là “chuẩn đoán và điều trị bệnh, khoa học môi trường là “ xác định vi sinh vật” ”, nông nghiệp . Khóa luận này sẽ giúp chúng ta tìm hiểu về một số phương pháp phân cụm cho dữ liệu gene microarray bao gồm “Hierarchical”, “Kmeans”, “SOM”, “PAM” và phương pháp phân cụm mới dựa trên khoảng cách “intra-cluster”. Đánh giá ưu nhược điểm của các phương pháp phân cụm này và cuối cùng là phát triển một chương trình có chức năng “phân cụm”cho “dữ liệu microarray gene” mà sử dụng phương pháp phân cụm “tối ưu hơn cả”.