Các thành phần chính gây ô nhiễm môi trường do nước thải bệnh viện gây ra là: Các chất hữu cơ. Các chất dinh dưỡng của ni-tơ (N), phốt-pho (P). Các chất rắn lơ lửng. Các vi trùng, vi khuẩn gây bệnh: Salmonella, tụ cầu, liên cầu, virus đường tiêu hóa, bại liệt, các loại kí sinh trùng, amip, nấm Các mầm bệnh sinh học khác trong máu, mủ, dịch, đờm, phân của người bệnh. Các loại hóa chất độc hại từ cơ thể và chế phẩm điều trị, thậm chí cả chất phóng xạ.