Sựphát triển của công nghệgiải mã trình tự đã giúp giải mã ngày càng nhiều các hệgen, đặc biệt là những hệgen có kích thước vừa và nhỏnhưvi rút hay vi khuẩn (hơn 7000 bộgen của vi rút và vi khuẩn đã được giải mã). Bên cạnh đó hệgen của những sinh vật bậc cao cũng đã được giải mã hoàn chỉnh như người, chó, chuột. Điều đó dẫn đến một nhu cầu cấp thiết là phải nghiên cứu các phương pháp và xây dựng một chương trình so sánh và bắt cặp trình tựcho hai hệgen. Trong khóa luận này, em xin được trình bày phương pháp và xây dựng một chương trình so sánh bắt cặp trình tựhoàn chỉnh cho hai hệgen. Chương trình cho phép bắt cặp toàn bộcác ADN trên cảhai hệgen, xác định được cả những biến đổi của tửng nucleotide và các biến đổi ởmức độgen. Chương trình được xây dựng dựa trên cởsởkết hợp và cải tiến các phương pháp đã có như “Pairwise Alignment with Rearrangement” [23], BLASTZ[18] và “Optimal Alignment with Linear space”[9]. Qua đó khắc phục những hạn chếvà lựa chọn những ưu điểm của chúng đểtạo thành một chương trình sắp hàng hệgen hoàn chỉnh.