Nhiên liệu hun khói thường dùng là gỗ, khí đốt sinh ra khói để hun và tỏa nhiệt. Nhiên liệu hun khói quyết định thành phần của khói, vì vậy việc lựa chọn nhiên liệu là vấn đề quan trọng. Thành phần của khói là yếu tố quan trọng trong khi hun khói, vì nó có quan hệ mật thiết đến chất lượng và tính bảo quản sản phẩm trong quá trình hun khói. Có khoảng 300 hợp chất khác nhau trong thành phần của khói, các hợp chất thông thường là phenol, acid hữu cơ, carbonyl, hydro carbon và một số thành phần khí khác như CO2, CO, O2, N2