Căn cứ vào báo cáo chính của Viện Nghiên cứu Tài nguyên nước phía Nam (SIWRP 2007) về”Quy hoạch quản lý tổng hợp tài nguyên nước của lưu vực sông tại thành phố Cần Thơ” về chất lượng nước, sông Hậu và nước các kênh vẫn chưa bị ô nhiễm nặng (trừColiform và E -Coli). Tuy nhiên, dấu hiệu ô nhiễm hữu cơ đã xuất hiện ởnhiều nơi (sông Cần Thơ, Ô Môn, cửa cống đầu kênh rạch Tham Tướng, và đặc biệt là những nơi đặt nuôi cá lồng ). Trong tương lai, với việc mởrộng quy hoạch các khu công nghiệp (theo kếhoạch từThốt Nốt đến Cái Răng) và đô thịhóa cũng nhưhoạt động sản xuất ngày càng tăng, ô nhiễm và suy thoái chất lượng sẽlà mối đe dọa quan trọng và gây ra nguy hiểm cho việc quản lý chất lượng nguồn nước, trừkhi kếhoạch chiến lược cụ thểvềchất thải rắn, nước thải và cách sửdụng các tác nhân hóa học trong hoạt động sản xuất nông nghiệp được đặt ra. Cụ thể, theo kết quảgiám sát ô nhiễm hiện tại của Sở TNMT (thành phố Cần Thơ) vềsựphát triển của chất lượng môi trường ởthành phốCần Thơ1999-2008, gần nhưtất cảcác kênh mương thoát nước và nguồn nước cung cấp chính trong thành phố đang có quá nhiều ô nhiễm, nước chuyển sang màu đen và có mùi khủng khiếp. Vấn đề ô nhiễm nước tại thành phốCần Thơ đã trởthành một mối quan tâm bức xúc. Hầu như tất cảnước thải tại thành phốCần Thơvẫn chưa được xửlý trước khi thải vào sông Hậu. chất thải công nghiệp chưa được phân loại và xửlý. Mặt nước trong khu vực nông thôn bịô nhiễm chủyếu là do các chất hữu cơvà vi khuẩn. Nước mặt bịô nhiễm nghiêm trọng gây ô nhiễm nước ngầm, trong khi nước bềmặt của các con sông chính, sông Hậu chẳng hạn, bịô nhiễm với các chất ô nhiễm hữu cơvà vi khuẩn. Ngoài ra, dựa trên kết quảgiám sát ô nhiễm hiện tại của SởTNMT vềsựphát triển của chất lượng môi trường ởthành phốCần Thơ1999-2008, gần nhưtất cảcác kênh mương thoát nước và nguồn nước cung cấp chính đều bịô nhiễm nặng nề. Kênh rạch bịô nhiễm với nồng độBOD từ 10-15 mg / l vượt quá quy chuẩn 2-3 lần, Nồng độ coliform là 4000-160,000 MPN/100ml vượt hơn 20 lần; và hóa chất BVTV chảy xuống kênh rạch và các kênh dẫn nước ởmức báo động.