Hóa phóng xạ trong phép phân tích sự kích hoạt phóng xạ là một chủ đề gây tranh luận đáng kể. Hóa phóng xạ được định nghĩa là sự áp dụng hóa học để nghiên cứu sự phóng xạ. Với một nhà hóa học hạt nhân thì có thể xem phép phân tích kích hoạt như là sự ứng dụng của hóa phóng xạ. Còn đối với những người khác, không phải nhà hóa học, tiến hành phép phân tích bằng sự phóng xạ và phép đo bức xạ có thể coi phép phân tích kích hoạt là một dạng của phép phân tích dụng cụ. Trong phương pháp sau, việc xác định một nguyên tố phóng xạ là dùng đường đặc trưng phóng xạ của đồng vị phóng xạ với nó. Một số thuận lợi của phép phân tích kích hoạt là sử dụng được ngay và thực hiện một cách khá chính xác với bất kì sự xử lí hóa học nào của vật mẫu trước khi chiếu xạ. Trong một vài trường hợp sự cách ly của nguyên tố phóng xạ là cần thiết. Trong hóa phóng xạ, phép phân tích kích hoạt thường bao hàm luôn việc cách ly của nguyên tố phóng xạ bằng sự phân ly hóa học. Tuy nhiên, trong một vài trường hợp, với sự cách ly hóa học, phép trắc phổ phóng xạ là cần thiết để đo từng đồng vị phóng xạ. Vậy vấn đề của hóa phóng xạ trong phép phân tích kích hoạt là có nên sử dụng hóa phóng xạ hay hạn chế, cái gì là tốt nhất cho sự khớp của việc xử lí mẫu, cả hóa học và dụng cụ, chúng sẽ đưa đến sự xác định thích hợp ở mức độ chính xác với độ chính xác cao. Hai phương pháp này bổ sung cho nhau; hóa phân tích làm phép đo phóng xạ dễ dàng hơn (trong một vài trường hợp việc khử cần cho phổ phóng xạ) ngược lại phổ phóng xạ làm cho độ tinh khiết hóa học bớt khó khăn (trong một số trường hợp việc khử cần cho một vài hoặc bất kì xử lý hóa học