Việc khai thác nƣớc ngầm đƣa vào sử dụng cho sinh hoạt và sản xuất một cách ồ ạt không theo quy hoạch và thiếu sự quản lý của các cơ quan chức năng đã làm cho tầng nƣớc ngầm trong thành phố bị nhiễm phèn một cách trầm trọng, thậm chí có nơi không thể sử dụng đƣợc nữa. Do đó, nƣớc nhiễm phèn là mối quan tâm của đa số ngƣời sử dụng nƣớc giếng. Tầng chứa nƣớc đƣợc khai thác nhiều nhất thƣờng phân bố từ độ sâu 25 tới 40 m ở khu vực nội thành và sâu hơn ở rìa thành phố. Mực áp lực đo đƣợc trong những năm 1980 dao động từ 3 tới 6 m, còn hiện nay, do khai thác quá nhiều áp lực ở nhiều nơi đã tụt xuống 14-15 m. Nhiều chỉ tiêu hóa học nƣớc thay đổi, ranh giới mặn – nhạt, phèn – không phèn cũng biến đổi mạnh. Hiện nay, do mức độ khai thác nƣớc ngầm dƣới đất tăng mạnh nên xuất hiện những nhân tố mới hình thành nƣớc phèn, làm biến đổi ranh giới nƣớc nhiễm phèn trƣớc đây, tăng khả năng thấm xuyên từ các tầng khác bị phèn trƣớc đó hoặc do nƣớc thấm xuyên qua các tầng cách nƣớc có chứa các tích tụ phèn. Hiện tƣợng này thƣờng gặp ở khu vực Hóc Môn, Gò Vấp. Sự hạ thấp mực áp lực tầng nƣớc ngầm cũng tạo điều kiện kéo ranh giới nhiễm phèn vào sâu trong nội thành.