Từ 2002 đến nay, quan hệ Việt – Nhật có nhiều bước phát triển quan trọng và vượt bậc. Cột mốc 2002: trong chuyến thăm Nhật Bản của Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh, lãnh đạo cấp cao hai nước thống nhất xây dựng quan hệ Việt Nam – Nhật Bản theo phương châm “đối tác tin cậy, ổn định lâu dài”. Từ đó, hai bên đã tạo dựng được cơ chế đối thoại ở nhiều cấp, mở rộng và phát triển quan hệ trên nhiều mặt, lĩnh vực.