Mọi tổ chức hay cá nhân đều mong muốn hoạt động của đơn vị mình đạt được hiệu quả. Tuy nhiên, luôn luôn tiềm ẩn những rủi ro là những yếu kém hoặc các sai phạm do nhà quản lý hay đội ngũ nhân viên gây ra làm thiệt hại, hoặc làm giảm hiệu quả hoạt động của tổ chức mình. Vì vậy, đòi hỏi mọi người phải cùng chung tay xây dựng một hệ thống kiểm soát nội bộ vững mạnh, là một trong những biện pháp quan trọng góp phần đẩy lùi những nguy cơ rủi ro có thể xảy ra. Hệ thống kiểm soát nội bộ giúp ngăn ngừa, phát hiện các sai phạm và yếu kém, giảm thiểu tổn thất, nâng cao hiệu quả nhằm giúp tổ chức đạt được các mục tiêu. Đồng thời khái niệm KSNB đối với khối các đơn vị sự nghiệp còn rất mới mẻ, các nghiên cứu chủ yếu được thực hiện trong các doanh nghiệp. Trong khi đó, tại các đơn vị thuộc khu vực công, công tác nghiên cứu và xây dựng hệ thống KSNB chưa được Nhà nước và bản thân các đơn vị thật sự quan tâm. Các nhà quản lý trong khu vực công thường dựa trên các quy định của pháp luật, kinh nghiệm cá nhân để hành xử hơn là một cái nhìn tổng quát và có hệ thống về công tác kiểm soát. Ngoài ra, việc thiếu kỹ năng phân tích từ mục tiêu, rủi ro đến các hoạt động kiểm soát sẽ dẫn đến tổn hao nguồn lực vào những thủ tục kiểm soát không cần thiết trong khi lại để lọt những rủi ro quan trọng. Một hệ thống KSNB hữu hiệu góp phần hạn chế tối đa những rủi ro phát sinh trong quá trình hoạt động của đơn vị, giảm thiểu những sai sót có thể xảy ra, đảm bảo hoàn thành các mục tiêu đề ra với hiệu quả tốt nhất