Sản phẩm của các phản ứng hóa học của thực vật với môi trường hoặc là sự bảo vệ hóa học chống lại vi sinh vật và động vật thường được hình thành với một lượng nhỏ trong cây. Chúng được biết đến như là các hợp chất thứ cấp và thường được dùng làm dược liệu hay phụ gia thực phẩm có giá trị . Những nghiên cứu về các hợp chất thứ cấp có nguồn gốc thực vật đã phát triển từ cuối những năm 50 của thế kỷ 20 (Rao và cs 2002). Các chất trao đổi thứ cấp có thể xếp trong ba nhóm chính là alkaloid, tinh dầu và glycoside. Các alkaloid : Có dạng tinh thể là các hợp chất chứa nitrogen, có hoạt tính sinh lý trên tất cả động vật và được sử dụng trong công nghiệp dược. Họ alkaloid bao gồm: codein, nicotine, caffeine và morphine.Một số loài thực vật có chứa nhiều alkaloid như cây thuốc phiện,canh ki na,cà độc dược,thuốc lá,khoai tây.alkaloid có thể có trong toàn cây hay chỉ tập trung ở bộ phận nào đó,như ở quả cây thuốc phiện,vỏ cây canh ki na,rễ cây và độc dược.Các hoạt tính sinh học của nó có thể tác động lên hệ thần kinh,hệ cơ,mạch máu hay bộ máy hô hấp của con người. Với liều lượng lớn alkaloid thường độc nhưng liều lượng nhỏ chúng thường làm dùng thuốc chữa bệnh.