Tổ chức công tác kế toán là sự thiết lập mối quan hệ qua lại giữa các yếu tố cấu thành hệ thống kế toán để phát huy tối đa vai trò của kế toán trong công tác quản lý tài chính. Chính vì vậy, tổ chức công tác kế toán khoa học sẽ góp phần quan trọng vào việc thu thập, xử lý thông tin, giúp lãnh đạo đơn vị đưa ra những quyết định đúng đắn và kịp thời; ảnh hưởng đến kết quả sử dụng các nguồn lực nhằm hoàn thành tốt các chức năng, nhiệm vụ được giao của các đơn vị sự nghiệp. Với vai trò đó, công tác kế toán trong các đơn vị sự nghiệp phải có kế hoạch tổ chức hệ thống thông tin bằng số liệu thông qua hệ thống chứng từ, tài khoản, sổ sách, báo cáo để quản lý và để kiểm soát nguồn kinh phí; tình hình sử dụng quyết toán kinh phí; tình hình quản lý và sử dụng các loại vật tư tài sản công; tình hình chấp hành dự toán thu, chi; thực hiện các tiêu chuẩn định mức của Nhà nước ở đơn vị. Công tác kế toán được Nhà nước sử dụng như một công cụ sắc bén trong việc quản lý NSNN, góp phần đắc lực tăng cường kiểm soát việc sử dụng nguồn ngân sách một cách tiết kiệm và hiệu quả cao