Hệ thống thông tin kế toán tồn tại trong mỗi tổ chức. Cách thức tổ chức hệ thống thông tin kế toán phụ thuộc vào tầm quan trọng và vai trò của hệ thống thông tin kế toán trong việc quản lý, điều hành hoạt động của tổ chức đó. Các trường đại học công lập Việt Nam với truyền thống hoạt động theo cơ chế tài chính của đơn vị hành chính sự nghiệp được ngân sách nhà nước bao cấp 100% nên hệ thống thông tin kế toán trong các trường đại học công lập chủ yếu phục vụ cho việc theo dõi thực hiện dự toán ngân sách Nhà nước giao. Vài năm trở lại đây, vấn đề giao quyền tự chủ cho các trường đại học đã được đặt ra, trong đó tự chủ về tài chính được coi là vấn đề quan trọng nhất trong việc giao quyền tự chủ cho các trường, nó có ảnh hưởng trực tiếp đến vấn đề tổ chức – nhân sự và đào tạo của nhà trường. Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 qui định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập là một trong những bước đi đầu tiên của Chính phủ để thực hiện chủ trương lớn nói trên. Trong vài năm gần đây, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã tiến hành giao quyền tự chủ cho một số trường đại học trọng điểm. Trong tương lai, sẽ có rất nhiều các trường đại học công lập sẽ được quyền tự chủ tài chính, nhưng kèm theo đó là trách nhiệm tự chủ tương đối nặng nề. Với các trường đại học công lập từ trước tới nay chỉ có thói quen chi tiêu theo dự toán ngân sách nhà nước thì hệ thống thông tin kế toán hiện tại sẽ bộc lộ nhiều bất cập khi thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính. Chính vì vậy, nghiên cứu hoàn thiện hệ thống thông tin kế toán trong các trường đại học công lập Việt Nam là một đề tài có tính thời sự, có ý nghĩa khoa học cả về lý luận và thực tiễn để phục vụ quản trị đại học tại Việt Nam.