Khái niệm và tên gọi về thực phẩm chức năng bắt nguồn từ Nhật Bản. Vào năm 1980 Bộ Y tế và Sức khỏe của nước này bắt đầu xây dựng hệ thống tổ chức trong Bộ, tổ chức này có nhiệm vụ điều chỉnh và công nhận những loại thực phẩm có hiệu quả cải thiện sức khỏe của cộng đồng dân cư. Họ cho phép ghi trên nhãn hiệu hàng hóa thực phẩm sử dụng cho sức (Foods for Specified Health Use). Sau hơn 20 năm hoạt động trên lĩnh vực này, đến tháng 9 năm 2001 đã có trên 271 sản phẩm thực phẩm mang nhãn hiệu FOSHU. Ở Nhật, thực phẩm chức năng được định nghĩa như sau : Những loại thực phẩm có hiệu quả lên sức khỏe bởi các chất dinh dưỡng truyền thống và các hoạt chất sinh học có chứa trong nó, người ta gọi là thực phẩm chức năng. Sau đó, thực phẩm chức năng xuất hiện trên nhiều nước khác.