Đặc điểm của nguyên tắc quản lý ngân NS yêu cầu cần phải thực hiện kiểm toán tuân thủ khi kiểm toán BCQTNS. Bản chất của cuộc kiểm toán BCQTNS chính là sự kết hợp giữa mục tiêu kiểm toán tài chính và mục tiêu kiểm toán tuân thủ. Trong quản lý và điều hành NS, Chính phủ với chức năng là cơ quan chấp hành pháp luật, có nhiệm vụ báo cáo về công tác quản lý kinh tế, tài chính NN mà trọng tâm là hoạt động thu, chi NSNN trước Quốc hội. Để thực hiện công tác kiểm tra tài chính NN có hiệu quả, Quốc hội và Chính phủ cần có được kết quả kiểm toán tính hợp lý, đúng đắn của số liệu trên BCQTNS của KTNN. Kiểm toán BCQT nhằm mục tiêu xác nhận tính trung thực, hợp lý của BCQT, cụ thể là các dòng chỉ tiêu thu thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế tiêu thụ đặc biệt và các dòng chỉ tiêu chi thường xuyên, chi đầu tư ở các lĩnh vực tại các cơ quan, đơn vị (kiểm toán tài chính). Tuy nhiên, nguyên tắc quản lý NSNN yêu cầu tất cả các khoản thu, chi NSNN phải theo dự toán NS được cơ quan có thẩm quyền quyết định và theo các quy định, định mức của NN. Theo quy định của Luật NSNN, dự toán NSNN được Quốc hội thông qua, nó trở thành quy định bắt buộc các tổ chức, cá nhân có nhiệm vụ thu, chi NSNN phải tuân thủ trong một năm NS. Do đó, mọi hoạt động thu, chi NS đều phải tuân thủ theo quy định của Luật NSNN, theo dự toán NSNN đã được Quốc hội, HĐND các cấp quyết định và đạo luật có liên quan như các Luật thuế, phí, lệ phí. Để kiểm tra việc thực hiện những quy định này, KTNN cần thực hiện kiểm toán việc tuân thủ các quy định của pháp luật, NN trong quản lý thu, chi NSNN. Tức là, không thể thiếu loại hình kiểm toán tuân thủ (tuân thủ dự toán, các quy định, định mức NN; tuân thủ nghị quyết về điều hành NS của Quốc hội, HĐND ) khi thực hiện kiểm toán BCQTNS. Như vậy, để cung cấp thông tin cần thiết cho Quốc hội, Chính phủ và các cơ quan quản lý có liên quan, mục tiêu của quy trình kiểm toán cần kết hợp cả 02 mục tiêu kiểm toán là: Kiểm toán các chỉ tiêu tài chính và kiểm toán tuân thủ. Mục tiêu trọng tâm của kiểm toán BCQTNS là kiểm toán các chỉ tiêu thu, chi trên BCQTNS nhằm phục vụ cho việc phê chuẩn quyết toán NS của Quốc hội và HĐND các cấp; tuy nhiên có mối quan hệ mật thiết với mục tiêu kiểm toán tuân thủ (đó là các số liệu trên BCQT có phản ánh các hoạt động thu, chi đảm bảo tuân thủ các quy định của pháp luật và tiêu chuẩn, định mức của NN hay không).