Thực tế ở một số trường THCS hiện nay công việc quản lý về chuyên môn của phó hiệu trưởng chưa được nhận thức sâu sắc cũng như tổ chức thực hiện tốt. Quản lý chuyên môn của phó hiệu trưởng còn mang tính chung chung, chỉ đứng ở gốc độ người quản lý. Phó hiệu trưởng giao khoán cho các tổ phụ trách chuyên môn, cho giáo viên bộ môn. Chưa thấy được đây là công việc mang tính chiến lược, thường xuyên, liên tục, lâu dài và trọng tâm để xây dựng một nhà trường xứng tầm vóc chiến lược phát triển giáo dục của đất nước hiện nay. Về phía giáo viên vẫn còn tồn tại một số chưa thật tâm với nghề, còn làm việc theo cách đối phó cho qua. Bên cạnh đó, nâng cao hiệu quả của công tác quản lý chuyên môn sẽ thúc đẩy sự phát triển về chuyên môn, nghiệp vụ của tất cả giáo viên, sẽ nâng cao chất lượng dạy và học trong nhà trường, đáp ứng được yêu cầu mới.