Theo Luật thanh tra năm 2003 thì cơ quan thanh tra không còn nhiều thẩm quyền độc lập như quy định của Pháp lệnh Thanh tra năm 1990 mà phụ thuộc vào người đứng đầu cơ quan quản lý nhà nước; không quy định tổ chức thanh tra chuyên ngành ở cục, tổng cục mà quy định thống nhất mỗi bộ, ngành chỉ có một tổ chức thanh tra là Thanh tra Bộ. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện cho thấy vì quá lệ thuộc vào người đứng đầu cơ quan quản lý nhà nước nên hoạt động thanh tra khó phát huy được hiệu quả; việc tổ chức ở mỗi bộ, ngành một tổ chức thanh tra cũng hầu như không thực hiện được. Vì vậy, trong quá trình xây dựng dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thanh tra, nhiều ý kiến đề nghị tăng thêm nhiều thẩm quyền độc lập cho cơ quan thanh tra cũng như tái quy định tổ chức Thanh tra Cục, Tổng cục. Bài viết tập trung phân tích cơ sở cho việc xác định thẩm quyền của cơ quan thanh tra cũng như tổ chức Thanh tra Cục, Tổng cục.