Độ pH là một trong những nhân tố môi trường có ảnh hưởng rất lớn trực tiếp và gián tiếp đối với đời sống thủy sinh vật như: sinh trưởng, tỉ lệ sống, sinh sản và dinh dưỡng. pH thích hợp cho tất cả các động vật đều gần bằng 7. Độ pH an toàn cho cây lúa là trên 4,1. Do đó, khi pH môi trường quá cao hay quá thấp đều không thuận lợi cho quá trình phát triển của thủy sinh vật. Tác động chủ yếu của pH khi quá cao hay quá thấp là làm thay đổi độ thẩm thấu của màng tế bào làm rối loạn quá trình trao đổi muối – nước giữa cơ thể và môi trường ngoài. Do đó, pH là nhân tố quyết định giới hạn phân bố của các loài thủy sinh vật.
Độ pH còn ảnh hưởng đến cân bằng chuyển dịch giữa các khí độc NH3, H2S (dạng phân tử ) và ion của chúng (NH4+, HS-, S2-). Môi trường quá kiềm gây bất lợi vì dạng NH3 chiếm đa số so với dạng NH4+. Ngược lại, môi trường quá axit cũng gây bất lợi dạng H2S chiếm đa số so với dạng HS-, S2-