Là một phần của hợp chất flavone, các isoflavone đậu nành có hoạt tính sinh học quan trọng. Isoflavone là một nhóm phenol dị vòng tự nhiên được tìm thấy chủ yếu trong đậu nành và được ghi nhận có một số chức năng tăng cường sức khỏe như ngăn ngừa các bệnh tim mạch, ung thư và các triệu chứng mãn kinh. Mười hai thành phần isoflavone đã được phân lập từ đậu nành trong đó có ba aglycone (daidzein, genistein và glycitein) và chín liên hợp glucosidic tương ứng của chúng. Các glucoside bao gồm ba loại 7-O-glucoside (daidzin, genistin và glycitin), ba 6”-O-acetyl glucoside (6”-O-acetyl-daidzin, 6”-O acetyl-genistin và 6”-O-acetyl-glycitin) và ba 6”-O-malonyl-glucoside (6”-O-malonyl-daidzin, 6”-O-malonyl-genistin và 6”-O-malonylglycitin) [22]. Phương pháp chế biến đậu nành ảnh hưởng đến hàm lượng isoflavone trong bã đậu. Nghiền nóng làm cho isoflavone được chiết xuất vào sữa đậu nành nhiều hơn so với nghiền lạnh. Tuy nhiên, gia nhiệt trực tiếp hoặc gián tiếp trong quy trình UHT không ảnh hưởng đáng kể đến nồng độ isoflavone [23]. Do các isoflavone đậu nành tồn tại chủ yếu ở bộ phận mầm của đậu nành, hầu hết các isoflavone đậu nành còn lại trong bã đậu [2]. Isoflavone trong bã đậu nành tồn tại chủ yếu ở dạng glucoside [24]. Trong điều kiện acid hoặc kiềm, dưới tác dụng của β-glucosidase, isoflavone glucoside được chuyển đổi thành dạng isoflavone aglycone [25]. Isoflavone dạng aglycone (ví dụ genistein và daidzein) trong đậu nành được báo cáo là có thể có tác dụng kháng estrogen hoặc proestrogen yếu. Các hợp chất này đã được ghi nhận tác dụng đẩy mạnh một số chức năng sức khỏe [26]. Sự hấp thu isoflavone đậu nành phụ thuộc vào cấu trúc hóa học. Các isoflavone dạng aglycone được hấp thu dễ dàng hơn là trong dạng liên hợp. Theo Chun và cs. (2007), sự biến đổi sinh học của isoflavone trong đường ruột phụ thuộc vào hệ vi sinh đường ruột [27]. Otieno và Shah (2007) cho rằng glucoside có thể bị thủy phân bởi các β-glucosidase của vi khuẩn ở niêm mạc ruột và sau đó các aglycone giải phóng ra sẽ được hấp thu ở ruột già [28]. Vì vậy, vi sinh vật có hoạt tính β-glucosidase có khả năng quan trọng trong việc sản xuất các hợp chất có thể hấp thu tốt hơn, tạo điều kiện thuận lợi cho khả dụng sinh học của isoflavone [29]. Do sự thay đổi về mức độ vi khuẩn đường ruột thông qua bệnh tật, chế độ ăn uống hoặc tuổi tác, không phải lúc nào cũng có thể dựa vào vi khuẩn đường ruột để khử liên hợp glucoside nhằm giải phóng các aglycone [30]. Các hợp chất polyphenol là các chất chuyển hóa thứ cấp phổ biến ở thực vật, có nhiều hoạt tính sinh học khác nhau và được cho là có tương tác với protein, làm thay đổi cấu trúc và tính chất của chúng. Các hợp chất polyphenol và protein có thể tạo thành phức chất thông qua liên kết cộng hóa trị và/hoặc tương tác không cộng hóa trị thông qua lực kỵ nước, tĩnh điện, lực van der Waals và liên kết hydro [31]. Ở dạng tự nhiên, các hợp chất polyphenol được kết hợp với đường làm giảm khả năng sử dụng của chúng đối với sinh vật [25].Ngoài isoflavone, các hợp chất syringic, chlorogen, gallic và ferulic acid là các hợp chất polyphenol chủ yếu trong bã đậu nành [32]. Các thành phần chức năng khác trong bã đậu nành có thể kể đến là các saponin, khoáng chất, các hợp chất lignin, phytosterol, coumestan, vitamin B và các thành phần dinh dưỡng tan trong chất béo bao gồm lecithin đậu nành, linoleic acid, linolenic acid, phytosterol, tocopherol, vitamin D [2]. Bã đậu nành cũng chứa nhiều khoáng chất như kali, canxi, sắt [18].