Phương pháp chọn lọc hàng loạtTrong những năm đầu thế kỷ 20, việc chọn giống vật nuôi được thực hiện chủ yếu bằng phương pháp chọn lọc hàng loạt: lựa chọn dựa trên các giá trị kiểu hình, tức là các con vật có ngoại hình phù hợp nhất, năng suất tốt nhất được chọn để làm giống. Phương pháp này sẽ giảm hiệu quả trên các tính trạng khó quan sát hoặc không thể quan sát được trên chính bản thân con vật và các tính trạng có hệ số di truyền thấp.Phương pháp chọn lọc theo gia đìnhVào khoảng các năm 1930, các nhà chọn giống bắt đầu sử dụng ổ đẻ sập tự động để xác định được năng suất trứng của từng cá thể. Phương pháp này nâng cao được hiệu quả chọn lọc nhờ có độ chính xác cao và vẫn còn được sử dụng cho đến ngày nay tại nhiều cơ sở chọn và nhân giống. Tiếp theo, vào các năm 1960 – 1970, người ta bắt đầu sử dụng thêm các phương pháp chọn lọc theo gia đình và thụ tinh nhân tạo. Các phương pháp này thường chỉ được tiến hành chọn lọc cho lần lượt từng tính trạng nên tến bộ di truyền rất chậm. Đến những năm 1980, phương pháp chọn lọc cá thể bắt đầu được phổ biến rộng rãi, khi người ta lượng hoá được giá trị của con giống thông qua chỉ số ước tính giá trị của nhiều tính trạng.Phương pháp chọn lọc theo chỉ sốHazel (1943) đã đề xuất một phương pháp chọn lọc vật nuôi theo chỉ số chọn lọc (Selection Index), kết hợp các giá trị kiểu hình của nhiều tính trạng trên các con vật có họ hàng để tính chỉ số cho mỗi vật giống. Do tính ưu việt mà phương pháp này đã phát triển trong vài thập kỷ, mang lại những thành tựu lớn trong lĩnh vực cải tiến di truyền của vật nuôi.