Rừng ngập mặn rất giàu các loại tảo phù du, tảo đáy và tảo nhu động. Chúng
thường tập trung ở khu vực gốc, rễ của cây ngập mặn và trong lớp đất bùn mềm. Các
loài tảo này có tính chống chịu khá đối với sự thay đổi độ mặn của môi trường và tạo
được những chất chống đông máu, kháng ung thư (Thatoi et al., 2012).
Đất rừng ngập mặn trên thế giới sở hữu đến 1500 loài vi nấm. Trong số đó, có loài
là tác nhân ký sinh gây bệnh cho cây rừng ngập mặn, nhưng có loài sản sinh ra acid hữu
cơ tham gia vào cơ chế hòa tan lân cung cấp dinh dưỡng cho cây (Thatoi et al., 2012).
Vi khuẩn là quần xã nổi bật và tạo nhiều sinh khối cho rừng ngập mặn, bao gồm
các loài với nhiều tính năng khác biệt như cố định đạm, hòa tan lân, oxy hóa lưu huỳnh,
phân giải cellulose và vi khuẩn sinh methane (Thatoi et al., 2012).
Các loài vi khuẩn sợi trong đất rừng ngập mặn của Trung Quốc, Ấn Độ, Indonesia
được ghi nhận khả năng tổng hợp nhiều loại chất kháng sinh ức chế mạnh vi khuẩn
Gram âm lẫn vi khuẩn Gram dương (Hong et al., 2009 và Retnowati, 2010). Sivakumar
et al. (2007) khẳng định chất kháng sinh của nhóm vi khuẩn sợi nguồn gốc biển (rừng
ngập mặn) mới và độc đáo hơn so với kháng sinh của nhóm vi khuẩn sợi trong đất liền.
Các hợp chất đó phức tạp về cấu trúc và đa năng về hoạt tính sinh học (Hong et al., 2009
và Li et al., 2010). Có hơn 10.000 trong tổng số 23.000 hợp chất có hoạt tính sinh học
được báo cáo do vi khuẩn sợi tổng hợp và 80% các hoạt chất này được thu nhận từ
Streptomyces (Berdy, 2005). Môi trường rừng ngập mặn như vị trí địa lý, pH, nhiệt độ,
độ mặn, độ ẩm và dinh dưỡng rất biến động ở các vùng khác nhau nên vi khuẩn sợi rừng
ngập mặn rất đa dạng và độc đáo; theo thống kê của Amrita et al. (2012) có 24 chi của
11 họ và 8 phân ngành dưới bộ Actinomycetales được phân lập và định danh từ rừng
ngập mặn. Có đến 2.000 dòng vi khuẩn sợi được phân lập từ rừng ngập mặn và các chất
chuyển hóa thứ cấp của chúng có tác dụng chống nhiễm trùng, chống khối u và hoạt
động ức chế protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B), các enzyme phân giải (Hong
et al., 2009). Tuy nhiên, vì những khó khăn khi nuôi cấy nên chỉ mô tả xác định được
rất ít (5%) số lượng chủng loài, chưa tương xứng với tiềm năng sẵn có (Thatoi et al.,
2012). Do vậy, cần tiếp tục đầu tư nghiên cứu để khai thác trong tương lai.