Trước năm 1998, NHCT VN là một bộ phận của NHNN có chức năng thực hiện nhiệm vụ tín dụng với các đơn vị kinh doanh công thương nghiệp. Sau năm 1998, hệ thống NH VN chuyển từ một cấp sang sang hệ thống NH hai cấp, tách bạch chức năng quản lý và kinh doanh theo nghị định 59/CP năm 1998, bộ phận này trở thành một NH quốc doanh độc lập hoạt động như một NHTM mang tên Ngân hàng Công Thương Việt Nam. NHCT VN được chính thức thành lập theo quyết định số 42/CT ngày 14/11/1990 của Chủ tịch hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) và được Thống đốc Ngân hàng Nhà nước ký quyết định số 285/QĐ-NH5 ngày 21/09/1996 thành lập lại theo mô hình Tổng công ty Nhà nước, theo ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ, tại quyết định số 90/TTg ngày 07/03/1994 nhằm tăng cường tập trung, phân công chuyên môn hóa và hợp tác kinh doanh để thực hiện nhiệm vụ nhà nước giao, nâng cao khả năng và hiệu quả của các đơn vị thành viên và toàn bộ hệ thống NHCT VN để đáp ứng nhu cầu của nền kinh tế. NHCT VN đặt trụ sở chính tại số 108 đường Trần Hưng Đạo-Quận Hoàn Kiếm-TP.Hà Nội, có hệ thống mạng lưới gồm: 1 trụ sở chính, 3 Sở Giao dịch, 156 chi nhánh (trong đó có 93 chi nhánh trực thuộc và 63 chi nhánh phụ thuộc), trên 700 Phòng giao dịch, hơn 100 cửa hàng kinh doanh vàng bạc, hơn 400 quỹ tiết kiệm trong cả nước. Có 3 công ty hạch toán độc lập là Công ty cho thuê Tài chính, Công ty TNHH Chứng khoán, Công ty Quản lý Nợ và Khai thác Tài sản và 2 đơn vị sự nghiệp là Trung Tâm Công nghệ Thông tin và Trung tâm Đào tạo.