Trong mỗi khâu tiêu thụ hàng hóa, dịch vụ thì thuế GTGT điều được tính trên giá trị bán ra. Tính thuế GTGT giai đoạn sau đều phải trừ thuê úGTGT đã nộp ở giai đoạn trước. Do vậy không gây ra hiện tượng trùng lặp. Hiệu quả của thuế GTGT không phụ thuộc vào việc tổ chức và phân chia các chu trình kinh tế cho dù sản phẩm có trải qua bao nhiêu giai đoạn thì tổng số thuế phải nộp cũng chỉ bằng thuế suất nhân với giá mua của người tiêu dùng cuối cùng. Do vậy, thuế GTGT không gây đột biến giá sản xuất khi sản phẩm trải qua nhiều giai đoạn chế biến. Mức thuế GTGT thường được xây dựng căn cứ vào công dụng vật chất của sản phẩm.