Địa lí tự nhiên nghiên cứu về các hiện tượng tự nhiên trong lớp vỏ địa lí với các khoa học bộ phận(khí hậu, thủy văn, thổ nhưỡng, sinh quyển, địa chất, địa mạo. kiến thức của các ngành này được truyền đạt bởi các học phần Địa lí tự nhiên đại cương) và địa lí tự nhiên tổng hợp. Do tính hệ thống trong cấu trúc của khoa học Địa lí, nên các học phần Địa lí tự nhiên đại cương (ở tất cả chương trình đào tạo của các trường ĐHSP đang áp dụng và dự thảo chương trình của Bộ Giáo dục và Đào tạo sắp được áp dụng) được bố trí vào các học kì 1, 2, 3 và bố trí trước các học phần Địa lí kinh tế -xã hội, Phương pháp dạy học Địa lí trong toàn khóa đào tạo. Các học phần Địa lí tự nhiên (ĐLTNĐC) gồm Nhập môn địa cầu, Địa chất, Địa mạo, Thủy văn, Khí hậu, Thổ nhưỡng, Sinh quyển, Lớp vỏ cảnh quan và các qui luật địa lí. Các học phần này có số đơn vị học trình không giống nhau giữa các trường, giữa trường với Bộ, do trước đây Bộ cho phép các trường tự xây dựng chương trình trên khung chương trình cơ bản của Bộ ban hành. Ví dụ ở ĐHSP Huế tổng số đơn vị học trình của các học phần ĐLTNĐC là 19, ở ĐHSP Qui Nhơn là 23.