Ngày 13/8/1996 Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải có quyết định số 2125QĐ/TCCB-LĐ thành lập doanh nghiệp nhà nước- Tổng công ty Đường sông miền Bắc (Tổng công ty 90) trực thuộc Bộ Giao thông vận tải trên cơ sở tách một số đơn vị sản xuất kinh doanh trực thuộc Cục Đường sông Việt Nam và nhận thêm một số doanh nghiệp của địa phương và đơn vị khác. Thực hiện chủ trương sắp xếp lại doanh nghiệp nhà nước, Thủ tướng chính phủ có quyết định số 12/2007/QĐ-TTG ngày 24/01/2007 phê duyệt đề án chuyển Tổng công ty Đường sông miền Bắc sang hoạt động theo mô hình Công ty mẹ – Công ty con; Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải có quyết định số 388/QĐ-BGTVT ngày 27/02/2007 về việc thành lập Công ty mẹ – Tổng công ty Vận tải thủy, trực thuộc Bộ Giao thông vận tải. Trụ sở chính của Tổng công ty đặt tại: Số 158 Đường Nguyễn Văn Cừ – Phường Bồ Đề – Quận Long Biên – TP Hà Nội. Khi mới thành lập trụ sở, trang thiết bị làm việc của cơ quan Tổng công ty chưa có phải mua sắm trang bị đầu tư từ đầu, đơn vị vừa phải củng cố tổ chức, vừa phải tập trung chỉ đạo sản xuất, đầu tư đổi mới đội tàu, tài sản thiết bị. Với nỗ lực vượt bậc của tập thể CBCNV kết quả sau hơn 13 năm doanh thu tăng 2,5 lần, nộp ngân sách tăng 2 lần, thu nhập bình quân đầu người lao động tăng 4 lần, tổng vốn tăng 3 lần, so với năm 1997. Đội tàu được hiện đại và trẻ hóa đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của thị trường, đội ngũ cán bộ quản lý, công nhân lành nghề được trang bị kiến thức mới phù hợp với xu thế phát triển, vị thế của Tổng công ty được nâng lên phát triển bền vững.