Cùng với công cuộc đổi mới nền kinh tế, chuyển sang nền kinh tế thị trường có sự quản lí của nhà nước, lĩnh vực tài chính – ngân sách nói chung và quản lý quỹ ngân sách của Kho bạc nhà nước (KBNN) nói riêng đã có sự đổi mới căn bản, nhờ đó đã mang lại những kết quả đáng khích lệ. Chi ngân sách nhà nước (NSNN) đã trở thành công cụ đắc lực trong điều hành vĩ mô nền kinh tế của Nhà nước. Chi tiêu NSNN những năm qua, ngoài việc đảm bảo hoạt động có hiệu quả của bộ máy nhà nước, ổn định đời sống kinh tế -xã hội, còn tạo tiền đề, những cơ sở vật chất quan trọng góp phần thúc đẩy nền kinh tế phát triển, tác động tích cực vào tốc độ tăng trưởng của nền kinh tế. Bên cạnh những kết quả đạt được, trong từng khâu hoặc từng bộ phận của quy trình quản lý chi NSNN nói chung và kiểm soát chi qua KBNN nói riêng còn bộc lộ những khiếm khuyết, kém hiệu quả. Năm 2006, kiểm toán nhà nước đối với ngân sách 2005 cho thấy có 7.622,5 tỉ đồng thu, chi sai nguyên tắc phải xử lý, trong đó có 1.339,5 tỉ đồng là tiền từ NSNN. Trong lĩnh vực chi thường xuyên, Kiểm toán nhà nước đã phát hiện nhiều hình thức làm thất thoát, gây sai phạm như: lấy ngân sách cho vay, tạm ứng; tự chi các khoản vượt thu, tăng thu; sử dụng ngân sách dự phòng sai qui định; hỗ trợ không đúng chế độ, chi vượt tiêu chuẩn, định mức về mua sắm,. Riêng trong lĩnh vực chi tiêu hành chính , thất thoát lên đến 661,8 tỉ đồng. Hầu hết các tỉnh được kiểm toán đều chi ngân sách thường xuyên vượt dự toán. Cá biệt, có những tỉnh chi vượt dự toán rất cao, trên 100%. Trong những năm qua, Đảng và Nhà nước đã ban hành nhiều văn bản pháp luật về thực hành tiết kiệm, chống lãng phí. Tháng 12 năm 2005, Luật Thực hành tiết kiệm, chống lãng phí được ban hành. Tất cả các bộ, ngành, địa phương và tổ chức đã tích cực triển khai thực hành tiết kiệm, chống lãng phí. Tuy nhiên, tình trạng buông lỏng quản lý, vi phạm các nguyên tắc quản lý tài chính, ngân sách, làm thất thoát tài sản của Nhà nước còn rất lớn. KBNN với chức năng kiểm soát chi NSNN như “người gác cổng” giữ cho các chế độ về chi tiêu ngân sách không bị phá vỡ, góp phần quan trọng trong việc thực hành tiết kiệm, chống lãng phí.