Trải qua nhiều thập kỉ, khoa học máy tính đã có những bước phát triển vượt bậc. Ngày nay, khoa học máy tính đã khám phá ra những khả năng mới trong một lĩnh vực đầy hứa hẹn như tin sinh học. Sinh học và những nguyên lý liên quan của nó là một vùng đất màu mỡ để các nhà nghiên cứu tiếp tục đào sâu tìm hiểu. Tin sinh học hay sinh học tính toán liên quan đến việc sử dụng các kỹ thuật từ toán học ứng dụng, tin học, thống kê để giải quyết các vấn đề sinh học. Một số mảng nghiên cứu chính đang được phát triển như là phân tích chuỗi, phân tích biểu diễn gen, dự đoán cấu trúc ADN và protein, các thuật toán dùng cho tin sinh học Công nghệ sinh học phân tử hiện đại cho phép thu thập rất nhiều loại dữ liệu, thông tin liên quan tới gen và protein. Có một vấn đề đặt ra là sau khi xác định được chức năng của gen, nếu phát hiện được gen đấy có nằm trong một chuỗi ADN, thì làm thế nào để ta có thể xác định được nó hoạt động hay không? Đây không phải là một vấn đề mới trong sinh học, nhưng có vai trò quan trọng trong việc tìm hiểu cơ chế hoạt động của các quá trình sinh học. Một trong những tác nhân quan trọng tác động lớn đến sự hoạt động của gen là vùng tăng cường. Vì vậy, bài toán về xác định sự hoạt động của gen có thể được đưa về bài toán nhỏ hơn là xác định trong chuỗi ADN chứa gen ấy có chứa các vùng tăng cường tương ứng của nó hay không. Nhưng làm thế nào để có thể tìm ra được các vùng tăng cường tương ứng với một gen?