Hệ thống thông tin kế toán tồn tại trong mỗi tổ chức. Cách thức tổ chức hệ thống thông tin kế toán phụ thuộc vào tầm quan trọng và vai trò của hệ thống thông tin kế toán trong việc quản lý, ñiều hành hoạt ñộngcủa tổ chức ñó. Các trường ñại học công lập Việt Nam với truyền thống hoạt ñộng theo cơ chế tài chính của ñơn vị hành chính sự nghiệp ñược ngân sách nhà nước bao cấp 100% nên hệ thống thông tin kế toán trong các trường ñại học công lập chủ yếu phục vụ cho việc theo dõi thực hiện dự toán ngân sách Nhà nước giao. Vài năm trở lại ñây, vấn ñề giao quyền tự chủ cho các trường ñại học ñã ñược ñặt ra, trong ñó tự chủ về tài chính ñược coi là vấn ñề quan trọng nhất trong việc giao quyền tự chủ cho các trường, nó có ảnh hưởng trực tiếp ñến vấn ñề tổ chức – nhân sự và ñào tạo của nhà trường. Nghị ñịnh số 43/2006/Nð-CP ngày 25/04/2006 qui ñịnh quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính ñối với ñơn vị sự nghiệp công lập là một trong những bước ñi ñầu tiên của Chính phủ ñể thực hiện chủ trương lớn nói trên. Trong vài năm gần ñây, Bộ Giáo dục và ðào tạo ñã tiến hành giao quyền tự chủ cho một số trường ñại học trọng ñiểm. Trong tương lai, sẽ có rất nhiều các trường ñại học công lập sẽ ñược quyền tự chủ tài chính, nhưng kèm theo ñó là trách nhiệm tự chủ tương ñối nặng nề. Với các trường ñại học công lập từ trước tới nay chỉ có thói quen chi tiêu theo dự toán ngân sách nhà nước thì hệ thống thông tin kế toán hiện tại sẽ bộc lộ nhiều bất cập khi thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính. Chính vì vậy, nghiên cứu hoàn thiện hệ thống thông tin kế toán trong các trường ñại học công lập Việt Nam là một ñề tài có tính thời sự, có ý nghĩa khoa học cả về lý luận và thực tiễn ñể phục vụ vấn ñề quản trị ñại học tại Việt Nam.