Bài viết trình bày phương pháp so sánh hai cấu trúc protein. Thực hiện xếp chồng và rút ngắn khoảng cách giữa nguyên tử Carbon-α của các phần tử hai protein để tìm ra được mô hình tương đồng cao nhất của hai protein. Nguồn protein thực hiện trong phương pháp được lấy từ ngân hàng protein thế giới – Protein Data Bank (PDB). Mặc dù có nhiều phương pháp thực hiện so sánh cấu trúc, nhưng vẫn còn nhiều vấn đề cần nghiên cứu và mở rộng. Phương pháp được trình bày trong bài báo được mở rộng từ phương pháp Chimera. Phương pháp đưa ra được kết quả tối ưu hơn so với cách sắp xếp chồng đơn thuần. Tính toán sự trùng khớp từ việc xếp hàng cấu trúc, rút ngắn khoảng cách hai cấu trúc và tiến hành dịch chuyển, giúp cho việc thể hiện sự tương đồng của protein một cách chính xác hơn. Tuy nhiên, vẫn còn một số hạn chế gặp phải và chưa giải quyết được: xử lý định hướng chuỗi liên kết; so sánh nhiều cấu trúc protein tại một thời điểm.