ỞKhu bảo tồn thiên nhiên Hang Kia – Pà Cò đã phát hiện được 52 loài thực vật đang bị đe doạtuy ệt chủng thuộc 3 ngành thực vật bậc cao có mạch là Ngọc lan, Thông và Dương xỉ. Trong đó, có 41 loài thực vật được ghi trong Sách ĐỏViệt Nam (2007), 29 loài được xếp trong Nghị định 32/2006/NĐ-CP, và 2 loài được xếp trong danh lục đỏthếgiới IUCN (2012.2). Hầu hết chúng cần được nghiên cứu nhân giống, gây trồng, bảo tồn và phát triển. Hai nhóm giải pháp để bảo tồn các loài thực vật bị đe dọa tuyệt chủng ởKhu bảo tồn thiên nhiên Hang Kia – Pà Cò là giải pháp vềquản lý, bảo vệrừng và giải pháp vềgiám sát và bảo tồn đa dạng sinh học.