Nhóm Bacillus subtilislà một nhóm gồm ít nhất 9 loài vi khuẩn có chung các đặc điểm kiểu hình và có tính tương đồng đoạn gen 16S rRNA cao. Định danh các loài trong nhóm này đòi hỏi phải sửdụng tổhợp nhiều kỹthuật phân loại hiện đại. Từ315 chủng vi khuẩn hiếu khí sinh nội bào tửphân lập tại Sa Pa, chúng tôi đã phân tích trình tựgen 16S rRNA của 63 chủng vi khuẩn có đặc điểm hình thái khuẩn lạc khác nhau. Duy nhất chủng SP 1901 được phân loại vào nhóm vi khuẩn B. subtilis. Đểxác minh kết quảtrên, chúng tôi tiến hành phân tích trình tự6 gen gyrA, rpoB,purH, polC, groELvà 16S rRNA. Phân tích trình tựvà xây dựng cây phát sinh chủng loại đa gen, chủng SP 1901 được định danh là loài B. amyloliquefacienssubsp. plantarum. Chủng này có khảnăng đồng hóa và lên men nhiều nguồn đường, sinh trưởng tốt ởnhiệt độ35 – 45 o C, pH 5,0 – 9,0, nồng độmuối NaCl 1,0 – 7,0%, có khảnăng tồn tại trong dịch dạdày nhân tạo, sản sinh nhiều loại enzyme công nghiệp nhưamylase, cellulose, xylanase, lipase, protease và phytase, sinh chất kháng sinh kháng lại các vi khuẩn Staphylococcus aureus, Escherichia colivà nấm gây bệnh cây Fusarium oxysporum, sinh chất kích thích sinh trưởng IAA. Đây là một báo cáo đầu tiên ứng dụng kỹ thuật phân tích trình tự đa gen để phân loại chính xác một chủng vi khuẩn trong nhóm B. subtilisphân lập trong hệsinh thái tựnhiên ởViệt Nam đến loài. Với nhiều đặc tính quý, chủng SP 1901 có nhiều tiềm năng ứng dụng vào sản xuất các sản phẩm thương mại chất lượng cao.