Phát sinh hình thái là cơ sở cho việc vi nhân giống thực vật mà hiện nay đang rất được quan tâm. Sự phát sinh hình thái thực vật liên quan tới sự phát sinh liên tục mô và cơ quan mới ở thực vật nhờ hoạt động của các nhóm tế bào gốc không phân hóa (undifferentiated stem cells) được gọi là mô phân sinh. Hơn nữa, kiểm soát hoạt động của mô phân sinh ngọn chồi ở mức phân tử dưới tác động của các chất điều hòa tăng trưởng thực vật, đặc biệt là auxin và cytokinin, gần đây được nghiên cứu bởi nhiều tác giả.