Mỏ sắt Thạch Khê có điều kiện địa chất thủy văn và địa chất công trình hết sức phức tạp qua kết quả nghiên cứu đã đạt được: Về địa chất thủy văn: Đã khẳng định chắc chắn ở phía Đông nước trong mỏ quan hệ thủy lực với nước biển. Phía Tây vùng sát sông Thạch Đồng nước dưới đất cũng có quan hệ thủy lực với nước sông Thạch Đồng. Đá vây quanh và ngay cả thân quặng cũng rất giàu nước. Theo mức độ mà nói thì dãy đá hoa nằm ở phía Đông mỏ là dãy đá phát triển cactơ và giàu nước hơn cả, tiếp đến là đá sừng xen lẫn đá hoa ở Bắc-Tây Bắc thân quặng manhetit. Trầm tích Neogen tầng chứa nước không áp đệ tứ trên và tầng chứa nước có áp đệ tứ dưới và cuối cùng nghèo nước hơn cả là sét kết, bột kết, cát kết (tầng Jura) đá sừng (T2-3) và granit ở phía Nam và Tây Nam khu mỏ. Lượng nước chảy vào moong khai thác tính theo phương pháp giếng lớn là 3 171 799 m3/ngày. Báo cáo thăm dỏ tỷ mỷ mỏ sắt Thạch Khê vẫn còn một số tồn tại như: khối lượng đầu tư cho công tác nghiên cứu địa chất công trình chưa hợp lý, chưa có những lỗ khoan chuyên môn địa chất công trình. Nếu mỏ được khai thác cần phải tiến hành bổ sung thêm khối lượng để nghiên cứu đặc điểm địa chất công trình và mảng chống thấm nước biển tràn vào mỏ khi mở moong. Tóm lại: Mỏ sắt Thạch Khê là một mỏ có trữ lượng lớn, tập trung, chất lượng quặng rất tốt, nhưng điều kiện địa chất thủy văn và địa chất công trình hết sức phức tạp. Mỏ sẽ được khai thác để phục vụ dự án khai thác mỏ sắt Thạch Khê công suất 10 triệu tấn/năm.