Cho đến nay nhiễm HIV/AIDS vẫn là căn bệnh còn đặt ra nhiều vấn đề cần được quan tâm, đặc biệt là vấn đề điều trị đặc hiệu bằng ARV. Các thuốc đang được dùng chỉ có tác dụng ức chế khả năng nhân lên nhưng không loại bỏ hoàn toàn vi rút ra khỏi cơ thể. Điều trị bằng ARV làm giảm lượng vi rút trong máu, cải thiện tình trạng miễn dịch nên làm giảm tỷ lệ mắc các bệnh nhiễm trùng cơ hội, giúp kéo dài và cải thiện chất lượng cuộc sống cho người bệnh, đồng thời làm giảm nguy cơ lây nhiễm cho cộng đồng. Tính đến cuối năm 2015, đã có 106 423 người (trong đó có khoảng 5% trẻ em) được tiếp cận chương trình điều trị ARV tại 349 cơ sở điều trị ARV ở tất cả các tỉnh, thành phố trong cả nước với độ bao phủ ước tính gần 42% số người cần được điều trị [8]. Tuy nhiên, sự xuất hiện các chủng vi rút mang đột biến kháng thuốc là một trong những nguyên nhân dẫn đến thất bại điều trị, không những hạn chế hiệu quả điều trị mà còn làm lan truyền các chủng HIV kháng thuốc. Xuất hiện các chủng vi rút đột biến kháng thuốc phụ thuộc vào nhiều yếu tố như loại thuốc sử dụng, phác đồ điều trị, tuân thủ của bệnh nhân, liều lượng thuốc, và các yếu tố của vi rút như số lượng đột biến cần để làm cho chúng trở nên kháng với các loại ARV, các týp di truyền của vi rút [53], [140]. Theo dõi, phát hiện các chủng kháng thuốc trên những bệnh nhân đang điều trị là vấn đề cần thiết nhằm nâng cao hiệu quả điều trị, góp phần xây dựng chiến lược quốc gia dự phòng HIV kháng thuốc. Những hạn chế trong việc triển khai các xét nghiệm như đo tải lượng vi rút và theo dõi sự xuất hiện sớm các chủng HIV kháng thuốc để thay đổi phác đồ điều trị đúng lúc đã làm hạn chế hiệu quả của chương trình điều trị ARV và có thể làm lan truyền các chủng HIV kháng thuốc trong cộng đồng