NAT-PT là cơ chế còn tồn tại nhiều giới hạn, vì nó chịu ảnh hưởng các giới hạn của NAT trong IPv4. Dưới đây là những giới hạn chính của NAT-PT : • Không đảm bảo cho việc kết nối đơn : NAT-PT là một thiết bị tĩnh. Nếu NAT-PT bị hỏng, tất cả các phiên truyền giữa miền IPv6-only và miền IPv4-only bị mất. • Hạn chế bảo mật cho các kết nối end-to-end : Bởi vì NAT-PT kiểm tra phần mào đầu của packet trong quá trình chuyển đổi do đó làm hỏng sự kiểm lỗi trong phần mào đầu của IP. Vấn đề này có thể khắc phục, nhưng vấn đề cơ bản là không dễ dàng để sữa chữa. • Not NAT-friendly : NAT-PT không có đầy đủ các ứng dụng để cấp cho các port động và việc gán port được qui định với địa chỉ IP. Vì thế, NAT-PT có thể nâng cấp cho mỗi thời điểm một ứng dụng non-NAT-friendly mới là có giá trị. • Khám phá MTU đường truyền – PMTUD : PMTUD không được trao đổi thông qua cơ chế NAT-PT. • IPv4 option : NAT-PT không có các thông số cho tùy chọn IPv4. • Multicast : Multicast không được hỗ trợ. • DNS : Bảo mật DNS (DNSSEC), được chỉ định trong RFC 2535, không được hỗ trợ. Vùng vận chuyển giữa mạng IPv6 và IPv4 được mở là một vấn đề đối với bảo mật.